Τα Windows ME είναι μια αναβάθμιση στα Windows 9x και η πλειοψηφία του λογισμικού για Windows 95 και Windows 98 θα λειτουργήσει με τα Windows ME. Λέμε «πλειοψηφία» γιατί λογισμικό, όπως ένα πρόγραμμα προστασίας από ιούς ή οποιοδήποτε άλλο βοηθητικό πρόγραμμα σχεδιασμένο για τα Windows 9x, δεν θα λειτουργήσει (ή θα λειτουργήσει καλά) στα Windows ME. Η δομή αρχείων και τα αρχεία ρυθμίσεων έχουν αλλάξει ελαφρώς στα Windows ME. Ωστόσο, παιχνίδια, προγράμματα και άλλο λογισμικό θα λειτουργούν στα Windows ME. Εάν το λογισμικό δεν λειτουργεί, θα πρέπει να έχει ενημερωμένη έκδοση που θα του επιτρέπει να λειτουργεί.